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Cuando murieron Huayna Cápac y su sucesor Ninan Coyuchi, en 1528, el Willac Umu, gran sacerdote del Sol, entregó la mascaypacha roja a Huáscar, considerando que era hijo de coya o mujer principal. El auqui Atahualpa aceptó tal decisión, y sólo pidió ser designado como Inca Rantin, es decir su representante del Sapa Inca en Tumibamba.
En 1529, el Sapa Inca Huáscar descubrió la conspiración de su hermano Cusi Atauchi, y le dio muerte junto a sus complices. Los orejones ejecutados eran miembros de la saya Hanan Cusco, bando que se distanció del Sapa Inca y siguió conspirando para derrocarlo. Huáscar, quería eliminar a sus hermanos sospechosos, y exigió la presencia de todos en el Cusco. Los nobles y generales de Tumibamba aconsejaron a Atahualpa no asistir, pues su vida corría peligro. Entonces Atahualpa envío sus representantes, justificando su ausencia y jurando obediencia al Sapa Inca. Huáscar mandó matarlos, y creyó confirmar la rebeldía de su medio hermano.
La nobleza incaica de Tumibamba, Ingapirca y Quito convenció a Atahualpa que la única salida era la guerra total contra Huáscar. Se preparó un gran ejército dirigido por los generales Quisquis, Calcuchímac y Rumiñahui, y se realizó una gran ceremonia para colocarle una mascaypacha roja, encumbrándolo como nuevo Sapa Inca del Tahuantinsuyo. La guerra estaba declarada y traería funestas consecuencias.
Después de algunas derrotas iniciales, los atahualpistas comenzaron un incontenible avance hacia el Cusco, dirigidos por Quisquis y Calcuchímac. La batalla decisiva se realizó en el paraje de Chontacaxas (Apurímac, Perú), donde tomaron prisionero a Huáscar. Las tropas vencedoras entraron al Cusco y dieron cruel muerte a casi todos sus partidarios, mujeres e hijos. Huáscar fue torturado y obligado a presenciar los horrendos crímenes. Luego fue llevado semidesnudo rumbo a Cajamarca, para comparecer ante Atahualpa. En el camino, el general Quisquis lo degolló y arrojó al río Negromayo (Ayacucho), por orden de Atahualpa.
El nuevo Sapa Inca, Atahualpa, en la llaqta de Cajamarca, celebraba las contundentes victorias de sus tropas en el sur. Considerándose invencible, en noviembre de 1532 permitió que unos extranjeros barbudos, los españoles, ingresen a la sierra norte y lleguen a Cajamarca. En los baños de Pultumarca recibió a Hernando Pizarro y le prometió asistir a una entrevista con su hermano Francisco Pizarro.
El 16 de noviembre de 1532, el Sapa Inca asistió a la plaza de Cajamarca, acompañado por un cortejo de 6 mil personas, de los cuales sólo 200 eran guerreros. Al atardecer de aquel día, en la plaza, el sacerdote español Vicente Valverde le exigió a Atahualpa su conversión a la religión católica y su sometimiento a la autoridad del Rey de España. Atahualpa rechazó aquel "requerimiento", por lo que las fuerzas invasoras atacaron sorpresivamente con armas de fuego, caballos y espadas. Ocurrió una horrenda masacre que ocasionó al menos 3000 muertos. El Sapa Inca fue llevado a un aposento llamado Amaruhuasi, donde soportaría un cautiverio de ocho meses.
Con la esperanza de salvar su vida y recuperar su libertad, Atahualpa ofreció llenar el Amaruhuasi con objetos de oro, y dos habitaciones con estatuas de plata. Después de repartirse el botín, los españoles armaron una farsa judicial y lo sentencia a morir en la hoguera. Antes de ser quemado vivo, el 26 de julio de 1533, Atahualpa aceptó bautizarse para que le cambien la pena. El fraile Vicente Valverde lo bautizó en el acto con el nombre de Francisco. Luego de la ceremonia el Sapa Inca fue estrangulado con un garrote vil. Su cuerpo enterrado en la capilla de Cajamarca, pero una noche los indígenas se llevaron su cuerpo y lo escondieron en un lugar hasta hoy desconocido.