En setiembre de 1820, desembarcó en Paracas el general don José de San Martín con tropas procedentes de Argentina y Chile. Se instaló provisionalmente en Pisco y envió delegados a la "Conferencia de Miraflores", con la esperanza de convencer al virrey Joaquín de Pezuela de colaborar con la Independencia del Perú.
Al comenzar 1821, varias ciudades del norte peruano se adhirieron a los patriotas y empezaron a desertar algunos batallones realistas. Esto provocó el “Motín de Aznapuquio” (enero de 1821), donde un grupo de generales españoles obligaron a renunciar a Pezuela. El nuevo virrey José de La Serna se entrevistó con San Martín en la "Conferencia de Punchauca" (junio de 1821), pero no llegaron a un acuerdo sobre el destino político del Perú. Entonces San Martín acercó sus tropas a Lima, donde se agravaba la escasez de alimentos por el bloqueo de los patriotas.
El Protectorado
Don José de San Martín gobernó el Perú provisionalmente con el título de Protector. Durante un año trató de organizar el nuevo Estado con la intención de implementar una monarquía constitucional, pero no logró el respaldo de los liberales peruanos, partidarios del sistema republicano. También intentó terminar con la resistencia realista en la sierra sur, sin embargo no contaba con la fuerza militar suficiente. Para obtener la ayuda de Simón Bolívar viajó a Guayaquil, pero el libertador venezolano no aceptó venir mientras el general argentino estuviera en el Perú. En setiembre de 1822, San Martín renunció al gobierno y regresó a su país. Así llegó a su fin la Corriente Libertadora del Sur. El Santo de la Espada había hecho su mejor esfuerzo y logró importantes avances, pero la gloria de completar la Independencia de Sudamérica estaba reservada para el Libertador Simón Bolívar, líder de la Corriente Libertadora del Norte.